子テーマのfunctions.phpのクラスでwp_enqueue_scriptsメソッドを上書きすることで、CSS や JS を読みこませることができます。Habakiri のfunctions.phpについては下記をご覧ください。

<?
function habakiri_child_theme_setup() {
	class Habakiri extends Habakiri_Base_Functions {

		// wp_enqueue_scripts メソッドは Habakiri で既に定義されているため
		// __construct() でフックさせる必要はありません。
		public function wp_enqueue_scripts() {
			// Habakiri の wp_enqueue_scripts をまず実行する
			parent::wp_enqueue_scripts();
			
			// Habakiri が自動的にロードする子テーマの style.css を
			// 解除し、代わりに style.min.css を読み込む場合の例
			wp_deregister_style( get_stylesheet() );
			wp_enqueue_style(
				get_stylesheet(),
				get_stylesheet_directory_uri() . '/style.min.css',
				array( get_template() )
			);

			// jquery.scroll.js という js を読み込む場合の例
			wp_enqueue_script(
				'jquery.scroll',
				get_stylesheet_directory_uri() . '/js/jquery.scroll.js',
				array( 'jquery' ),
				null,
				true
			);
		}
	}
}
add_action( 'after_setup_theme', 'habakiri_child_theme_setup' );